I den oksidative fosforyleringen avgir NADH og $\mathrm{F}\mathrm{A}\mathrm{D}{\mathrm{H}}_2$ elektroner til elektrontransportkjeden. Energien fra elektronene brukes til å pumpe ${\mathrm{H}}^{+}$ over den indre membranen. Når ${\mathrm{H}}^{+}$ strømmer tilbake gjennom ATP-syntase, dannes ATP (1). Til slutt tar ${\mathrm{O}}_2$ opp elektronene og ${\mathrm{H}}^{+}$, og det dannes ${\mathrm{H}}_2\mathrm{O}$ (2).

NADH (3) og $\mathrm{F}\mathrm{A}\mathrm{D}{\mathrm{H}}_2$ (4) blir ikke dannet her. De blir brukt (oksidert) i den oksidative fosforyleringen. De dannes i glykolysen, i omdanningen av pyruvat og i sitronsyresyklusen.