Ved en flaskehalseffekt blir populasjonen plutselig svært liten. Hvilke individer som overlever, er tilfeldig. De få overlevende kan derfor ha andre allelfrekvenser enn den opprinnelige populasjonen. Et sjeldent sykdomsallel kan tilfeldigvis bli mye vanligere.

Figur B viser dette: Frekvensen av sykdomsallelet øker brått samtidig med at populasjonen krasjer. Deretter holder den seg høy mens populasjonen vokser igjen.

• I figur A øker frekvensen jevnt hele tiden, også før flaskehalsen. Økningen henger ikke sammen med flaskehalsen.
• I figur C følger frekvensen populasjonsstørrelsen. Men en frekvens er en andel og avhenger ikke av antallet individer.
• I figur D øker frekvensen gradvis etter flaskehalsen. Det ligner mer på seleksjon, og et recessivt sykdomsallel blir ikke favorisert av seleksjon.