Flaskehalseffekt oppstår når en populasjon plutselig blir svært liten, for eksempel etter en naturkatastrofe. De få gjenlevende individene har bare en tilfeldig del av genvariasjonen. Populasjonen får derfor lavere genetisk variasjon, også etter at den har vokst igjen.

Mellom Q og R faller antallet individer brått fra en topp til det laveste nivået i hele perioden. Det er denne endringen som kan gi flaskehalseffekt.

Mellom P og Q og mellom R og S øker populasjonen. Mellom S og T synker populasjonen litt og vokser igjen, men den blir aldri spesielt liten.