Denitrifiserende bakterier omdanner nitrat ($\mathrm{N}{\mathrm{O}}_3^{-}$) til nitrogengass (${\mathrm{N}}_2$), som slipper ut av jorda til atmosfæren. Denne prosessen (denitrifikasjon) tapper altså jorda for nitrat, slik at mengden nitrat minker. Ammonium ($\mathrm{N}{\mathrm{H}}_4^{+}$) er ikke substrat for denitrifiserende bakterier – det er nitrifiserende bakterier som omdanner ammonium videre til nitrat/nitritt. Mengden ammonium påvirkes derfor ikke direkte av denitrifikasjonen og holder seg konstant.