Flaskehalseffekten oppstår når en populasjon plutselig blir sterkt redusert, for eksempel av en katastrofe. De overlevende individene bærer da bare et lite og tilfeldig utvalg av alleler fra den opprinnelige populasjonen, så den genetiske variasjonen blir mindre, ikke større.

Overkrysning (B), mutasjoner (C) og meiose (D) bidrar derimot alle til å øke variasjonen: overkrysning gir nye allelkombinasjoner på kromosomene, mutasjoner skaper helt nye alleler, og meiose (blant annet gjennom uavhengig sortering av kromosomer) gir nye kombinasjoner av alleler i kjønnscellene.